برای تصفیه فاضلاب بهداشتی، از سه روش کلی می توان استفاده کرد. این سه روش عبارت است از:
۱. تصفیه فیزیکی
روش تصفیه فیزیکی در تصفیه فاضلاب بهداشتی، جهت حذف مواد جامد شناور و معلق کوچک و بزرگ از فاضلاب به کار برده می‌شود. در این روش از تجهیزات و واحدهایی مانند آشغال‌گیر، دانه گیر، ته‌نشینی ثقلی، فیلتراسیون و … جهت حذف و تصفیه به صورت فیزیکی از طریق جداسازی مواد استفاده می‌شود.
۲. تصفیه شیمیایی
در تصفیه شیمیایی، مواد شیمیایی در تصفیه فاضلاب به کار گرفته می‌شود. مصرف مواد شیمیایی در طی فرایند تصفیه فاضلاب با اهداف متفاوتی می باشد. به عنوان مثال در بعضی موارد، موادی در فاضلاب وجود دارد که از طریق روش های فیزیکی مانند ته نشینی ثقلی، از جریان فاضلاب حذف نمی شود، در چنین شرایطی به وسیله تزریق مواد شیمیایی به فاضلاب و ایجاد لخته و منعقد شدن مواد، امکان ته نشین شدن آن ها به وجود می آید. همچنین مواد شیمیایی مانند هیپوکلریت کلسیم، جهت گندزدایی و ضدعفونی کردن فاضلاب، به کار گرفته می شود.
۳. تصفیه بیولوژیکی
تصفیه بیولوژیکی فاضلاب، یکی از روش‌های بسیار مهم و کاربردی در تصفیه فاضلاب بهداشتی، می باشد. در این روش، باکتری های هوازی و بی هوازی با تغذیه از مواد آلی موجود در فاضلاب، اقدام به تجزیه و حذف آن ها می‌کنند. روش بیولوژیکی خود انواع روش های هوازی و روش های بی هوازی را شامل می شود که آن ها نیز به انواع متفاوتی طبقه بندی می‌شوند. به طور کلی اساس عملکرد روش بیولوژیکی بر پایه فعالیت میکروارگانیسم ها می باشد.
اغلب در تصفیه فاضلاب بهداشتی انسانی، فرایندهای هوازی به کار گرفته می‌شود. در روش های زیر، بر اساس فعالیت باکتری های هوازی عمل تجزیه و تصفیه بیولوژیکی فاضلاب انجام می‌شود.
فرایند لجن فعال با بستر رشد متحرک (MBBR)
فرایند لجن فعال متعارف (CAS)
فرایند لجن فعال با بستر رشد ثابت (IFAS)
فرایند دیسک‌های بیولوژیکی چرخان (RBC)
فرایند لجن فعال با هوادهی گسترده (EAAS)
فرایند راکتور ناپیوسته متوالی (SBR) و …
باکتری‌های بی‌هوازی که در غیاب اکسیژن، مواد آلی را تجزیه می کنند، در تصفیه فاضلاب‌های صنعتی به کار برده می‌شوند. از جمله فرایندهای بی‌هوازی تصفیه فاضلاب می‌توان فرایندهای UASB ، ABR ، UAFB را نام برد.